Habartický kostelík sv. Petra a Pavla je historiky datován do 14. století a s ním také první zmínka o lokalitě. Roku 1354 ze zdejší farnosti vycházely papežské desátky, v roce 1369 se z Habartic, jakožto z velmi chudé farnosti, neplatily papežské desátky vůbec. V předhusitských dobách náležely Habartice nepomuckému klášteru pod Zelenou Horou a v Habarticích byl dvůr vladyků. Po zničení nepomuckého kláštera husity dostali klášterní zboží do zástavy páni ze Švamberka (r. 1420). Brzy se však klášterství dostalo do rukou husitské strany a město Klatovy je tak drželo do roku 1436, kdy bylo opět vráceno Švamberkům. Klatovské obci zůstala nejspíše od roku 1436 pouze ta část Habartic, která dříve patřila nepomuckým cisterciákům. Tu si mesto Klatovy roku 1544 vložilo do obnovených zemských desek. Těm byly Habartice, nazývané již zelenohorským panstvím, po prvním protihabsburském odporu roku 1547 zkonfiskovány a roku 1549 opět navráceny. Z Habartic vycházel plat 10 kop, který platili Kuneš, Matěj Kuneš, Průcha, krčmář a chalupník Jan Kunáš. Pobělohorské konfiskace postihly majetek města hlouběji. Klatovská část Habartic ještě s dvěmi dalšími vesnicemi byla městu zabavena a roku 1623 dána do zástavy podkomořímu Přibíkovi Jeníškovi z Újezda. Avšak roku 1629 byly klatovské obci všechny zabavené statky vráceny. Finanční tíseň ale donutila město hned v následujícím roce prodat Habartice a další dvě vsi jejich dosavadnímu zástavnímu držiteli, Přibíkovi, Jeníškovi z Újezda na Svrčovci, Štěpánovicích a Březnici.

Na přelomu 15. a 16. století sepsali vladykové ze sousedních Obytec smlouvu o zboží po předcích a podle ní Bohuslav obdržel Obytce, Hoštice, Střítež, Lhotku, díl Kydlin a popluží v Habarticích. Majetek obyteckých vladyků v Habarticích se později neznámo jak dostal Štenberkům a to před rokem 1543, kdy si Bohuslavovi synové vložili do obnovených zemských desek majetek, v němž se již habartické popluží nevyskytuje. Část Habartic je připomínána roku 1558 pri zelenohorském panství Štenberků a roku 1584, pri dělení panství, připadla ke druhému plánickému dílu Ladislava ze Štenberka, který roku 1591 dvůr Haldovský v Habarticích i se vsí prodal Jiřímu ml. Příchovskému z Příchovic.

Jiřík Příchovský z Příchovic zřejmě odprodal svou část vsi Habartic městu Klatovům a ponechal si pouze tzv. Haldovský dvůr, kde sídlil – roku 1603 se psal "na Habarticích" a platil dávky pouze z jednoho komína a za podací právo, ale z žádného poddaného.

V roce 1615 zde byl již nový majitel, Jan Jiří Harant z Polžic a Bezdružic na Habarticích, opět bez poddaných. Není známo, kdy a jak nabyl Hoštic a Habartic, sídlil na tvrzi v Habarticích. Habartice, jak se zdá, vlastnil po Jiříkovi Příchovském ještě Adam Příchovský. Jeho dcerou nebo sestrou snad byla Ludmila Příchovská, první manželka Jana Jiřího Haranta, který tedy nejspíše Habartice vyženil. Jan Jiří Harant i s rodinou odjel pro své náboženské přesvědčení roku 1628 z vlasti a habrtický statek zanechal synovi Jiřímu Bedřichovi, který přijal katolickou víru. Jiří Bedřich Harant se ujal po rodičích Hoštice (?) a Habartice, ale již v roce 1631 prodal svou část Habartic (dvůr ve vsi Habarticích od kamene vystavěný, se štenicemi, zahradou pro vaření a s poplužím a co k tomu patřilo ve vsi, s krčmou výsadní a s kostelním podacím) za 2500 kop m. majiteli druhé části Habartic, Přibíkovi Jeníškovi z Újezda. Tak byly Habartice po dlouhých staletích majetkově sjednoceny v jedněch rukou.

Prameny chybně uvádějí, že Klatovští v roce 1630 prodali Habartice Vilémovi z Klenové. Přesto tento pán později nějakým způsobem Habartice získal. Po roce 1644 vlastnila habartický statek Vilémova pravděpodobně sestra Regina. Regina Kateřina Kocová z Klenové a z Janovic měla za prvního manžela Bohuslava Koce z Dobrše a na Habarticích. Roku 1654 patřily Habartice paní "Regině Kocové" (b.r. fol. 801/802) a ves byla tvořena mimo vrchnostenských objektů pouze čtyřmi selskými usedlostmi, z nichž jedna byla pustá, a čtyřmi "zahradnickými" chalupami. V roce 1661 podstoupila Regina Kateřina Kocová roz. z Klenové a Janovic a na Habarticích svůj dům v Klatovech tamním jezuitům a v roce 1663 jim odkázala svůj statek Habartice, tj. tvrz a sídlo Habartice s podacím kostelním a ves pustou Chuchli. Ta je zmíněna již roku 1379, kdy její část patřila Buškovi, tomu patřila také část blízkých Odbytec. Druhá část Chuchle mohla patřit nepomuckému klášteru a jako církevní majetek nebyla v roce 1379 zdaněna a tedy ani zaznamenána. Ves Chuchle zanikla asi někdy za husitských válek a roli zde hrála jistě i její vysoká poloha. Pozemky příslušné k Chuchli byly nejspíše připojeny k habartickému poplužnímu dvoru (majetek obyteckých vladyků) a asi zarostly z větší části lesem. Ves pustá Chuchle (tj. její pozemky) je jakožto příslušenství Habartic zmiňována roku 1663. Dvůr Chuchle, nazývaný též Nový Dvůr, byl založen na odlesněné půdě asi na začátku 18. století.

Klatovští jezuité zřídili na habartickém statku nový mlýn, ale už v roce 1680 malý statek v neúrodném a kamenitém kraji prodali za 6100 zlatých. V roce 1710 pořídil rektor jezuitské koleje v Klatovech soupis statků, které jezuité prodali. V soupisu je též poznamenáno: Anno 1684 perill. Do Joanni Swarowasser bonum Habartic. Jako kupce Habartic k roku 1680 je uváděn též Václav Karel ze Svárova. Tento rozpor lze vysvětlit tak, že šlo o Jana Václava Karla ze Svárova, sídlícího v té době na Malonicích. V roce 1684 nejspíše výše zmíněnou sumu doplatil. Václav Karel ze Svářova prodal statek Habartice už v roce 1687 již za 8000 zl. Anně Marii z Rosenfeldu roz. z Edelsteinu a ta jej ještě v témže roce s mírnou ztrátou (za 7950 zl.) prodala Šebastiánovi Broumovi z Miřenic. Po něm dědila Habartice Anna Helena Bohušová roz. Broumová z Miřenic a ta je i se dvorem Chuchlí prodala roku 1699 za 11300 zl. Karlu Lažanskému z Bukové. Lažanský Habartice v roce 1700 prodal Juliusovi Františkovi Steinbachovi z Kranichštejnu za 13500 zl. Již v roce 1719 koupil statek Habartice za 15200 zl. Karel Perglar z Perglasu (držel také statek Nový Čestín), který v roce 1728 prodal oba statky dalšímu z rodu Steinbachů, Karlu Maxmiliánovi. Ten o Habartice a o Chuchli roku 1739 přišel pro dluhy. Habartický statek získal věřitel Ignác z Unwerthu, který jej v roce 1750 prodal za 15000 zl. svému švagrovi Františkovi Adamovi Janovskému z Janovic na Otíně a Předslavi. Spojené statky Otín, Předslav a Habartice (s dvorem Chuchle) zdědil roku 1780 syn Františka Adama, Jan Vincent z Janovic, který v roce 1782 odprodal dvůr Chuchli. Otín, Předslav a Habartice (ještě po několika změnách majitelů) koupil roku 1809 advokát Jan Měchura a v roce 1818 ještě přikoupil nazpět dvůr Chuchli. Jeho syn Leopold Měchura v roce 1850 statky rozprodal. Habartice se dostaly do držení Josefa Wallise a byly připojeny k jeho velkostatku Plánice. V roce 1894 byl majitelem "velkostatku" Habartice J. Hanl, c. a k. nadporučík z Plzně.